SMP Muhammadiyah 3 Waru berdiri pada tanggal 1 Januari 1976, proses pembelajaran secara resmi dilaksanakan pada hari Senin – Wage 4 Muharram 1396 Hijriyah tepatnya tanggal 5 Januari 1976. sebagai bagian dari persyarikatan Muhammadiyah maka SMP Muhammadiyah 3 Waru tidak bisa dilepaskan dari Muhammadiyah yang merupakan lembaga pendidikan milik Muhammadiyah atau amal usaha Muhammadiyah(AUM). Mengapa disebut SMP Muhammadiyah 3 Waru, angka tiga (3) didasarkan urutan berdirinya Sekolah di Kabupaten Sidoarjo dan itu ditentukan oleh Majlis Pendidikan dan Pengajaran Wilayah (MAPENDAPWIL Muhammadiyah Jawa Timur).